微生物接種即按無菌操作技術要求將目的微生物移接到培養基質中的過程，接種細菌應用接種針（環）來沾取細菌標本，進行接種。一般用右手持筆式較為方便，左手可持培養基進行配合，其接種程序可分為：滅菌接種環→稍冷→沾取細菌樣品→進行接種（包括：啟蓋或塞、接種劃線、加蓋或塞）→進行接種環滅菌等五個程序。不同培養基，接種方法也不同。
        接種常見方法有：平板劃線接種法、斜面接種法、傾注培養法、穿刺接種法、液體接種法。
        菌落是由某一微生物的少數細胞或孢子在固體培養基表面繁殖后所形成的子細胞群體，單個菌體在固體平面培養基上生長繁殖形成的肉眼可見的群體。因此，菌落形態在一定程度上是個體細胞形態和結構在宏觀上的反映。由于每一大類微生物都有其*的細胞形態，因而其菌落形態特征也各異。因此每一大類微生物都有其一定的菌落特征，可通過這些特征差異區分和識別。

        接種方法  
        斜面接種法
        此法主要用于移種純菌，使其增殖后用于鑒定或保存菌種。通常是從平板培養物上挑取某一單獨菌落或者從一支已長好的斜面菌種，移種至斜面培養基上，接種步驟如下：
        （一）左手拿兩支試管，一支為經滅菌的斜面，另一支為已長好的菌種。右手持接種環或接種針通過火焰滅菌后冷卻，并同時以右手小指和無名指輕輕拔取兩支試管的棉塞或試管帽（先轉動棉塞后拔去），夾持于手指間。
        （二）將試管口通過火焰數次，并稍轉動，以防止外界的污染。
        （三）首先將接種環伸入有菌試管，使接種環接觸菌苔取少量菌，取出接種環，立即將管口通過火焰滅菌后將接種環伸入斜面管內，先從斜面底部到頂端拖一條接種線，再自下而上的蜿蜒涂布，或直接自斜面底部向上蜿蜒涂布。此步注意接種環不可碰試管壁和接種時不要劃破培養基。
        （四）燒試管口，塞好棉塞或蓋好試管帽，將接種環插到酒精瓶中。
        平板劃線接種法（分離培養法）
        是將細菌分離培養的常用技術，其目的是將混有多種細菌的培養物，或標本中不同的細菌使其分散生長，形成單個菌落或分離出單一菌株，便于識別鑒定。平板劃線接種方法較多，其中以分段劃線法與曲線劃線法較為常用。 
        （一）分段劃線法：本法多用于含菌量較多的標本。方法是以接種環沾取少許樣品先涂布于平板培養基表面一角作為段劃線（劃線時接種環與培養基表面呈45度角），然后將接種環置火焰上滅菌，冷卻（可接觸平板試之，如不融化瓊脂，即已冷卻），于第二段處再作劃線，且在開始劃線時與段的劃線相交接數次，以后劃線不必再相接，待第二段劃完時，再如上法滅菌，接種劃線，依次劃至MAX后一段，滅菌接種環。這樣每一段劃線內的細菌數逐漸減少，即以獲得單個菌落，劃線接種完畢，蓋好平皿蓋，倒置（平板底部向上）于37℃溫箱中培養。
        （二）連續劃線法：此法多用于接種材料中含菌數量不太多的樣品或培養物。方法是先將樣品或培養物涂于平板表面的一角，然后用接種環自樣品涂擦處開始，向左右兩側劃開并逐漸向下移動，連續劃成若干條分散的平等線。
        液體接種法
        此法多用于單糖發酵試驗等，接種方法與斜面接種方法基本相同。以左手持培養基與菌種管，右手持接種環和拔持棉塞，將挑取的菌落或菌液接種于液體培養基內。

        四大微生物的細胞形態和菌落特征比較  
        細菌：
        細菌菌落常表現為濕潤、粘稠、光滑、較透明、易挑取、質地均勻以及菌落正反面或邊緣與中央部位顏色一致，邊緣一般看不到細胞，與培養基不結合，顏色多樣，菌落外觀形態小而凸起或大而平坦，菌落透明或稍透明。細菌的細胞相互關系是單個分散或有一定的排列方式的。它的形態特征是小二而均勻，個別有芽孢。細胞生長速度一般很快，細菌一般有臭味。
        酵母菌：
        大多數酵母菌的菌落特征與細菌相似，但比細菌菌落大而凸起，菌落表面光滑、濕潤、粘稠，容易挑起，菌落質地均勻，正反面和邊緣、中央部位的顏色都很均一，菌落多為乳白色，少數為紅色，個別為黑色，菌落稍透明，不與培養基結合。菌落邊緣可見球狀，卵圓狀或假絲狀細胞。氣味多帶酒香味。
        放線菌：
        放線菌在固體培養基上形成與細菌不同的菌落特征，放線菌菌絲相互交錯纏繞形成質地致密的小菌落，干燥、不透明、難以挑取，當大量孢子覆蓋于菌落表面時，就形成表面為粉末狀或顆粒狀的典型放線菌菌落，由于基內菌絲和孢子常有顏色，使得菌落的正反面呈現出不同的色澤。細胞相互關系是絲狀交織，形態特征細而均勻，生長速度慢，常有泥腥味。
        霉菌：
        由于霉菌的菌絲較粗而長，因而霉菌的菌落較大，有的霉菌的菌絲蔓延，沒有局限性，其菌落可擴展到整個培養皿，有的種則有一定的局限性，直徑1~2厘米或更小。菌落質地一般比放線菌疏松，外觀干燥，不透明，呈現或緊或松的蛛網狀、絨毛狀或棉絮狀；菌落與培養基的連接緊密，不易挑??；菌落正反面的顏色和邊緣與中心的顏色常不一致，顏色多樣。菌落邊緣可見粗絲狀細胞。細胞相互關系是絲狀交織，形態特征粗而分化，細胞一般生長較快，氣味往往有霉味。